做微生物科研，真正让人头疼的往往不是“有没有软件”，而是：
这个问题到底应该用什么软件？
做菌株分型，需要MLST还是cgMLST？
做耐药分析，是找耐药基因，还是分析耐药突变位点？
做菌株亲缘关系，需要单基因进化树、核心基因组SNP，还是泛基因组分析？
做微生物组差异分析，LEfSe、随机森林、PLS-DA又应该怎么选择？
如果每遇到一个问题都去搜索软件，不仅耗时间，还要面对Linux环境配置、软件版本、数据库安装以及参数设置等问题。
为方便微生物科研人员快速查找工具，本文整理了一批微生物科研中常用的生信软件和在线分析工具，按照数据处理、序列分析、基因组注释、耐药毒力、比较基因组、进化分析、微生物组、统计绘图等科研场景进行分类。