拿到一批肺炎克雷伯菌的全基因组序列，要鉴定物种、做 MLST 分型、筛查毒力基因、查找耐药基因，还得预测血清型——如果还是一个个工具手动跑，光整理和比对上机结果就能耗掉大半天。而今天，这些步骤可以一次性完成：Kleborate已正式上线密码子·生信云平台，上传序列、点击运行，即可拿到一套结构化的注释结果。
肺炎克雷伯菌（Klebsiella pneumoniae）是临床和疾控都绕不开的条件致病菌。它既可以是肠外感染的常见病原，也会因高毒力株（hvKP）和多重耐药株（CRKP）的扩散，给治疗和院内感染防控带来实实在在的压力。面对这样的病原，单靠菌落形态和经验判断远远不够——快速、准确的分型、毒力与耐药注释，是流行病学监测、感染控制和科研溯源共同需要的基础工作。
然而传统流程往往要凑齐好几个工具：一个做 MLST，一个筛毒力，一个查耐药，再手工把结果拼到一张表里。步骤多、门槛高、易出错。这正是 Kleborate 想解决的痛点。
Kleborate 是一款综合性的基因组学工具，专为鉴定细菌病原体基因组组装中的毒力和抗菌药物耐药决定因子而设计。它最初围绕肺炎克雷伯菌及其物种复合群（KpSC）开发，后来通过模块化架构扩展，现已支持大肠杆菌（Escherichia coli）和产酸克雷伯菌物种复合群（KoSC）等多种肠杆菌，适用范围更广。
其核心逻辑是：把繁琐的基因组筛查流程整合进一套模块化流程，一次运行完成多项检测，并输出适合下游流行病学分析和监测工作的结构化表格。
以 KpSC为例，Kleborate 会自动完成七大类分析：
● 物种鉴定：物种复合群内的精确物种级别分类，先确认"测的是不是它、是哪一种"；
● MLST 分型：基于多位点序列分型方案，输出ST型及7个位点等位基因；
● 毒力位点检测：识别耶尔森菌素、大肠菌素、气杆菌素、沙门菌素等铁载体系统、ICEKp元件和高粘液性标志物；
● 耐药性分析：获得性耐药基因、染色体突变、基因截短及 SHV/TEM 等 β-内酰胺酶变体；
● 血清型预测：通过wzi等位基因和Kaptive集成进行荚膜（K）抗原与O抗原分型；
● 表型耐药性预测：基于基因组数据对环丙沙星耐药性进行预测；
● 组装质量指标：Contig 统计与质量控制警告，先一步筛掉低质量输入。
更友好的是，结果自带毒力评分（0–5）和耐药性评分（0–3），方便快速横向比较不同菌株的风险等级，不必逐列翻原始表格。
输入方面，Kleborate 处理的是组装好的 FASTA 格式全基因组序列。支持指定单个 *.fa / *.fasta / *.fna 文件（含 *.gz 压缩格式），也支持上传包含所有待分析序列的文件夹或 ZIP 压缩包——手头有多少株一起跑就行。
输出方面，系统按检测到的物种复合体自动生成制表符分隔（TSV）文件，命名清晰、即下即用，例如：
● klebsiella_pneumo_complex_output.txt：肺炎克雷伯菌复合群结果
● klebsiella_oxytoca_complex_output.txt：产酸克雷伯菌复合群结果
● escherichia_output.txt：埃希氏菌属结果
● klebsiella_pneumo_complex_hAMRonization_output.txt：标准化 AMR 结果（hAMRonization 格式）
这些表格字段规范、可直接对接下游统计和监测流程，省去手工清洗。
本地装环境、配依赖、跑命令行，对很多非生信背景的研究者是个不小的门槛。Kleborate 已上线密码子·生信云（http://cloud.mimazi.net/tool/article-233.html）——在网页端选择文件、运行、下载结果即可，无需维护本地软件环境。
依托平台统一的结果文件管理和运行状态跟踪，批量样本也能有条不紊地跑完。该流程已正式对外开放，适合科研、疾控和临床微生物团队的日常分析需求。
Kleborate 把物种鉴定、MLST 分型、毒力与耐药注释、血清型预测和组装质量检查整合到一次运行中，配合密码子·生信云的在线体验，让克雷伯菌等肠杆菌的基因组分析更省事、更规范。
如果你也在做肺炎克雷伯菌或相关肠杆菌的基因组分析，欢迎前往 密码子·生信云 体验 Kleborate：
体验入口：http://cloud.mimazi.net/tool/article-233.html