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微生物随机森林分析

处理和分析微生物数据,采用随机森林分析方法进行特征选择和差异分析。使用场景比较不同组别之间微生物组成差异筛选出具有统计学差异的生物标识(Biomarker)
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处理和分析微生物数据,采用随机森林分析方法进行特征选择和差异分析。

使用场景

比较不同组别之间微生物组成差异

筛选出具有统计学差异的生物标识(Biomarker )

* 若每个分组生物学重复数量小于5,此方法筛选出的结果仅供参考
* 样本数目过少可能会影响模型的稳定性,此时结果可能输出不完整


输入文件:

分组信息,第一列为样本ID,第二列为分组(Group),确保列名与示例相一致,支持 .tsv、.txt 和 .csv 格式的表格文件

OTU/特征表,每一列代表一个样本,每一行代表一个特征,支持 .tsv、.txt 和 .csv 格式的表格文件


 OTU/ASV/基因注释文件 (从此处注释文件中选择分析所用分类水平,如:Phylum,Genus)


小工具结果:

*_重要变量差异检验.csv

Comparison:比较组组合;Taxa:微生物分类信息;Method:统计检验方法;Group:显著富集的组别(该组在比较中丰度更高);P.unadj:未校正的原始 p 值

*_rf_重要变量差异检验柱形图.png&pdf

*_rf_重要变量.png&pdf

当前版本为1.0版本,上架时间为:2025-05-13