LEfSe分析

处理和分析微生物数据，采用LEfSe（Linear Discriminant Analysis Effect Size）方法进行特征选择和差异分析，建议每个分组生物学重复数≥5。

LEfSe分析是一种用于发现和解释高维度数据生物标识（基因、通路和分类单元等）的分析工具，可以进行两个或多个分组的比较，它强调统计意义和生物相关性，能够在组与组之间寻找具有统计学差异的生物标识（Biomarker ）。该分析首先使用非参数Kruskal-Wallis 秩和检测不同分组间丰度差异显著的物种，然后使用Wilcoxon秩和检验上一步的差异物种在不同组间子分组中的差异一致性，最后采用线性回归分析（LDA）来估算每个组分（物种）丰度对差异效果影响的大小。

1、当所有分组或某一分组未筛选到满足条件特征（显著水平 和 LDA值的阈值）时，小工具可能会运行失败或绘图结果中缺失对应组别结果；

2、绘图结果中的特征数过多或过少时，可通过调整 显著水平（alpha值）和 LDA值的阈值 来优化绘图使用特征数量；

3、绘图结果出现压缩或显示不完整时，可通过调整 LDA分布柱状图高度/宽度 和  物种进化分支图高度/宽度 来改善。

示例文件：

分组信息，第一列为样本ID，第二列为分组（Group），确保列名与示例相一致，支持 .tsv、.txt 和 .csv 格式的表格文件

OTU/特征表，每一列代表一个样本，每一行代表一个特征，支持 .tsv、.txt 和 .csv 格式的表格文件

 OTU/ASV/基因注释文件 （从此处注释文件中选择分析所用分类水平，如：Phylum，Genus）

小工具结果：

Lefse检验结果.csv

LDA_score_range.csv

LDA值分布柱状图.pdf

物种进化分支图.pdf

使用场景

• 比较不同组别之间微生物组成差异
• 筛选出具有统计学差异的生物标识(Biomarker )

当前版本为1.0版本，上架时间为：2025-05-12

• 客服电话：
  15618809518
• 客服手机：
  15618809518（微信同号）
• 联系邮箱：
  marketing@winnerbio.cn
• 客服微信：
• 微信公众号：