基因组位点测序深度图,测序深度的分布图是很常见的一类图,可用于发现染色体片段或整条染色体的缺失或是重复。如果是缺失,测序时捕获的概率就小,最终比对呈现出来的就是有一段区域深度明显偏低;如果是重复,捕获概率就大,测的reads就多,比对得到的深度自然就高。
本工具可以对包含有基因组各位点的测序深度文件进行测序深度可视化展示。测序深度文件一般是由BAW软件、SAMtools软件将测序数据map到参考基因组上以后,提取获得的各位点测序深度值文件。该文件分为三列,以Tab键间隔。建议保存为tsv格式或者txt格式。
文件应包含三列数据,分别是:
V1:标识符(可以是任何字符串)。
V2:基因组位置(数值)。
V3:测序深度(数值)。
可视化结果图如下所示。