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SCycDB（硫循环数据库）是一个精心整理的功能基因数据库，专为微生物硫循环途径的宏基因组分析而设计。该数据库由 Yu 等人 (2020) 开发并发表于 Molecular Ecology Resources，它填补了环境微生物学领域的一个重要空白：即从鸟枪法宏基因组测序数据中全面且准确地鉴定硫循环相关基因的能力。由微生物驱动的硫 (S) 循环，是自然生态系统中与碳、氮和金属循环相耦合的基础生物地球化学过程。SCycDB 不仅提供了参考数据，还提供了自动化流程，能够将原始宏基因组序列转化为定量的功能和分类丰度谱。
输入文件：
基因组/宏基因组预组装结果文件或包含所有待分析基因组的zip压缩包。
小工具结果：
anno_result_full.csv
qseqid：Query sequence ID，输入的基因编号(一个基因可以参与多个循环过程)；sseqid：Subject sequence ID，比对上的 CCycDB 参考序列 ID；pident：一致性百分比（% identity）；length：比对长度（对齐的氨基酸/碱基个数）；mismatch：错配数；gapopen：gap数；qstart：查询序列比对起始位置；qend：查询序列比对结束位置；sstart：参考序列比对起始位置；send：参考序列比对结束位置；evalue：期望值，越小越显著（通常 < 1e-5 算可靠）；bitscore：比特分值，越高代表匹配质量越好；gene：基因简称；db：该注释来源的原始数据库。
anno_result.csv
qseqid：Query sequence ID，输入的基因编号(一个基因可以参与多个碳循环过程)；gene：基因简称；db：该注释来源的原始数据库。
gene_count_pathway.csv
gene：基因简称；GeneCount：注释到该基因的序列数量。
参考文献：
Yu, X., Zhou, J., Song, W., Xu, M., He, Q., Peng, Y., Tian, Y., Wang, C., Shu, L., Wang, S., Yan, Q., Liu, J., Tu, Q. and He, Z. (2020), SCycDB: A Curated Functional Gene Database for Metagenomic Profiling of Sulfur Cycling Pathways. Mol Ecol Resour. https://doi.org/10.1111/1755-0998.13306
数据库版本：SCycDB_2020Mar