PCycDB数据库：磷循环基因注释

PCycDB（磷循环数据库）是一个经人工校验的生物信息学资源与处理工具集，用于从宏基因组和宏转录组测序数据中鉴定并定量磷循环基因。该数据库涵盖跨越 10 种代谢过程的 138 个基因家族，并引入了同源基因以抑制假阳性检出。至关重要的是，数据库还包含了编码胞内磷代谢过程的基因——使研究人员不仅能探究地球化学磷循环，还能宏观探究微生物磷代谢。

输入文件：

基因组/宏基因组预组装结果文件或包含所有待分析基因组的zip压缩包。

小工具结果：

anno_result_full.csv

qseqid：Query sequence ID，输入的基因编号(一个基因可以参与多个循环过程)；sseqid：Subject sequence ID，比对上的 CCycDB 参考序列 ID；pident：一致性百分比（% identity）；length：比对长度（对齐的氨基酸/碱基个数）；mismatch：错配数；gapopen：gap数；qstart：查询序列比对起始位置；qend：查询序列比对结束位置；sstart：参考序列比对起始位置；send：参考序列比对结束位置；evalue：期望值，越小越显著（通常 < 1e-5 算可靠）；bitscore：比特分值，越高代表匹配质量越好；gene：基因简称；db：该注释来源的原始数据库。

anno_result.csv

qseqid：Query sequence ID，输入的基因编号(一个基因可以参与多个碳循环过程)；gene：基因简称；db：该注释来源的原始数据库。

gene_count_pathway.csv

gene：基因简称；GeneCount：注释到该基因的序列数量。

参考文献：

Zeng J, Tu Q, Yu X, et al. PCycDB: a comprehensive and accurate database for fast analysis of phosphorus cycling genes. Microbiome, 2022, 10(1): 1–16.

数据库版本：PCycDBv1.1

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