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MAFFT多序列比对

MAFFT(Multiple Alignment using Fast Fourier Transform)是一款广泛使用的多序列比对软件,支持 DNA、RNA 和蛋白质序列的多序列比对。MAFFT 具有多种比对策略,可根据序列数量、序列长度和相似性选择不同算法。小工具使用 --auto 参数,使 MAFFT 根据输入数据规模自动选择合适的比对策略,在准确性和运行效率之间进行平衡。
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MAFFT(Multiple Alignment using Fast Fourier Transform)是一款广泛使用的多序列比对软件,支持 DNA、RNA 和蛋白质序列的多序列比对。MAFFT 具有多种比对策略,可根据序列数量、序列长度和相似性选择不同算法。小工具使用 --auto 参数,使 MAFFT 根据输入数据规模自动选择合适的比对策略,在准确性和运行效率之间进行平衡。

示例文件:

将所有需比对的序列保存到同一fasta格式文件中进行序列比对,支持核酸或蛋白序列的比对(长度<10kb)


小工具结果:

   output.aligned.fasta:对齐后的序列,可用于进一步的进化树构建

软件版本:

    MAFFT v7.526 (2024/Apr/26)


参考文献:

Rozewicki J, Li S, Amada KM, Standley DM, Katoh K. MAFFT-DASH: integrated protein sequence and structural alignment. Nucleic Acids Res. 2019 Jul 2;47(W1):W5-W10. doi: 10.1093/nar/gkz342. PMID: 31062021; PMCID: PMC6602451.

此版本是1.0,上架时间是20260820