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AMRFinderPlus 是 NCBI 开发的高精度生物信息学工具，用于识别细菌基因组中的获得性抗微生物耐药性 (AMR) 基因、点突变、应激反应因子和毒力决定因子。该工具可处理蛋白质序列、组装的核苷酸重叠群，或同时处理两者，并生成结构化的制表符分隔报告，将每个检测到的元素映射至 NCBI 策划的参考基因目录。
AMRFinderPlus 的检测内容
输入与输出概览
输入文件要求为FASTA格式全基因组序列文件，蛋白序列文件以及蛋白质位置的 GFF 文件。
（建议基于全基因组序列文件使用prodigal;prokka;bakta等软件进行蛋白预测和获取gff文件，或从NCBI中下载所需文件）
输出文件
amrfinder_result.xls：预测结果
Protein id：输入蛋白质标识符；Contig id：基因所在的 Contig；Start / Stop / Strand：基因组坐标；Element symbol：标准化基因/突变符号；Element name：描述性名称；Scope：core = AMR；plus = 应激/毒力；Type：广义类别，AMR / STRESS / VIRULENCE；Subtype：检测子类型，AMR / POINT / BIOCIDE；Class / Subclass：药物类别层级；Method：使用的检测方法，ALLELEP （通过 BLASTP 的精确等位基因匹配），EXACTP （精确蛋白质匹配（非等位基因）），BLASTP （通过 BLASTP 的蛋白质命中，低于精确匹配阈值），HMM （仅由 HMM 概型检测到的命中），POINTP （检测到蛋白质点突变），PARTIALP （部分蛋白质命中—在 contig 末端或内部截断）；Target length：匹配目标序列的长度；% Coverage / % Identity：比对指标；Closest reference accession：最佳匹配的参考蛋白质；HMM accession / description：HMM 概型匹配。
all_mutations.xls：所有突变报告
Protein id：输入蛋白质标识符；Contig id：基因所在的 Contig；Start / Stop / Strand：基因组坐标；Element symbol：标准化基因/突变符号；Element name：描述性名称；Scope：core = AMR；plus = 应激/毒力；Type：广义类别，AMR / STRESS / VIRULENCE；Subtype：检测子类型，AMR / POINT / BIOCIDE；Class / Subclass：药物类别层级；Method：使用的检测方法，ALLELEP （通过 BLASTP 的精确等位基因匹配），EXACTP （精确蛋白质匹配（非等位基因）），BLASTP （通过 BLASTP 的蛋白质命中，低于精确匹配阈值），HMM （仅由 HMM 概型检测到的命中），POINTP （检测到蛋白质点突变），PARTIALP （部分蛋白质命中—在 contig 末端或内部截断）；Target length：匹配目标序列的长度；% Coverage / % Identity：比对指标；Closest reference accession：最佳匹配的参考蛋白质；HMM accession / description：HMM 概型匹配。
软件版本： AMRFinder v4.2.7
数据库版本： 2026-05-15.1
参考文献：
Feldgarden M, Brover V, Gonzalez-Escalona N, Frye JG, Haendiges J, Haft DH, Hoffmann M, Pettengill JB, Prasad AB, Tillman GE, Tyson GH, Klimke W. AMRFinderPlus and the Reference Gene Catalog facilitate examination of the genomic links among antimicrobial resistance, stress response, and virulence. Sci Rep. 2021 Jun 16;11(1):12728. doi: 10.1038/s41598-021-91456-0. PMID: 34135355; PMCID: PMC8208984.
Feldgarden M, Brover V, Haft DH, Prasad AB, Slotta DJ, Tolstoy I, Tyson GH, Zhao S, Hsu CH, McDermott PF, Tadesse DA, Morales C, Simmons M, Tillman G, Wasilenko J, Folster JP, Klimke W. Validating the AMRFinder Tool and Resistance Gene Database by Using Antimicrobial Resistance Genotype-Phenotype Correlations in a Collection of Isolates. Antimicrob Agents Chemother. 2019 Oct 22;63(11):e00483-19. doi: 10.1128/AAC.00483-19. Erratum in: Antimicrob Agents Chemother. 2020 Mar 24;64(4): PMID: 31427293; PMCID: PMC6811410.
当前版本为1.0版本，上架时间为：2026-08-06