收藏小工具

WoLF PSORT 蛋白质亚细胞定位预测(animal/fungi/plant)

本工具用于基于WoLFPSORT进行动物/真菌/植物的蛋白质亚细胞定位。什么是WoLFPSORT?WoLFPSORT(加权局部敏感PSORT)是经典PSORT定位预测器家族的扩展。给定一个蛋白质序列,它会提取分选信号特征——例如信号肽、核定位信号和跨膜区——然后使用基于实验验证蛋白质训练的k-近邻分类器来分配亚细胞定位得分。该原始工具由Hor
本流程已累计运行1次。
基因组与功能注释
请选择计算文件

运行状态

计算结果

下载计算结果

本工具用于基于 WoLF PSORT 进行动物/真菌/植物的蛋白质亚细胞定位。

什么是 WoLF PSORT?

WoLF PSORT(加权局部敏感 PSORT)是经典 PSORT 定位预测器家族的扩展。给定一个蛋白质序列,它会提取分选信号特征——例如信号肽、核定位信号和跨膜区——然后使用基于实验验证蛋白质训练的 k-近邻分类器来分配亚细胞定位得分。该原始工具由 Horton 等人(2007)发表,在蛋白质定位文献中被广泛引用。

支持的生物类型

WoLF PSORT 支持三个分类学类别,每个类别由特定物种的 kNN 模型提供支持,且具有不同的 k 值(即在分类期间参考的最近邻数量):


不同的 k 值反映了每个界训练数据集的不同规模与特征。由于训练数据更为丰富,动物模型使用了更多的邻居(k=32);而植物模型使用的邻居较少(k=14),反映出其特征空间更为专化。

定位缩写

WoLFPSORT 对亚细胞区室使用紧凑的缩写代码。这些缩写在不同物种类型间略有差异,因为某些区室是特定生物独有的(例如,叶绿体只出现在植物中)。下表汇总了在示例输出中观察到的所有缩写。

单一区室缩写


复合区室缩写

复合缩写使用下划线连接两个区室,表示蛋白可能定位于两个区室——既可能是双重靶向,也可能是在两者之间穿梭。两个区室的顺序无关紧要(例如,cyto_nucl 和 nucl_cyto 的含义相同,尽管 WoLFPSORT 始终使用规范排序)。

注:当复合定位作为主要预测(第一个条目)出现时,该蛋白极有可能是真正的双重定位。当它以低分出现在排序列表的靠后位置时,通常反映的是 kNN 投票产生的噪声,而非真正的双重靶向信号。请优先关注排在前两位的复合定位。


输入与输出概览

输入文件采用标准 FASTA 格式——每条蛋白质以包含登录标识符的 > 头行开始,后跟一行或多行氨基酸序列。该封装接受任何有效的 FASTA 文件,不限序列数量。

输出文件为纯文本格式。首行记录了所使用的 k 值。随后的每一行包含蛋白质登录号,接着是逗号分隔的预测定位列表及其 kNN 投票得分,按置信度从高到低排序。例如,类似 mito 14, nucl 10.5, cyto_nucl 10.5 的一行表示,该蛋白质的 32 个最近邻为线粒体投了 14 票,为细胞核投了 10.5 票,为细胞质-细胞核双重定位投了 10.5 票。

*_WoLFPSORT.txt



htdocs/results/*.html:预测结果交互查看链接



参考文献:

Horton P, Park KJ, Obayashi T, et al. WoLF PSORT: protein localization predictor.Nucleic Acids Research. 2007;35(Web Server issue):W585-W587.https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1933216/


暂无内容