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FUNGuildR 是一个在 R 环境中用于真菌群落功能注释的工具包，其核心原理是将高通量测序获得的真菌分类单元（如OTU 或 ASV）与已有的真菌功能数据库（如 FUNGuild）进行匹配，从而推断不同真菌类群在生态系统中的营养型。该工具极大简化了从分类学信息到功能注释的分析流程，有助于研究人员从“谁在那里”转向“它们在做什么”这一生态功能视角，常用于土壤微生物组、植物微生物组以及环境微生物多样性研究。
示例文件：
ITS代表序列，FASTA格式，后缀名为*.fasta、*.fa、*.fas、*.fna、*.fnn等
特征表（制表符分隔），每行一个特征（OTU），每列一个样本
小工具结果：
FUNGuild_result.tsv
营养方式（Trophic mode）：即病理营养型（pathotroph）、共生营养型（symbiotroph）和腐生营养型（saprotroph）三种类型。
Guild类型（Guild）：即12种guild类型：动物病原菌（animal pathogens）、丛枝菌根真菌（arbuscular mycorrhizal fungi）、外生菌根真菌（ectomycorrhizal fungi）、杜鹃花类菌根真菌（ericoid mycorrhizal fungi）、叶内生真菌（foliar endophytes）、地衣寄生真菌（lichenicolous fungi）、地衣共生真菌（lichenized fungi）、菌寄生真菌（mycoparasites）、植物病原菌（plantpathogens）、未定义根内生真菌（undefined root endophytes）、未定义腐生真菌（undefined saprotrophs）或木质腐生真菌（wood saprotrophs）
置信度（Confidence）：基于已发表文献或权威网站或作者实验室研究数据对分类结果给出可信度评估，分“极可能”（highly probable）、“很可能”（probable）和“可能”（possible）三个等级
生长形态（Growth morphology）：即生长形态类型
特征（Trait）：描述某些真菌的生长时的特征
注释（Notes）：描述某些真菌的寄主类型、生境特征等
引用/来源（Citation/Source）：对真菌进行功能guild划分的参考文献或网站信息
参考文献：
[2]Yang, G., Ryo, M., Roy, J. et al. Multiple anthropogenic pressures eliminate the effects of soil microbial diversity on ecosystem functions in experimental microcosms. Nat Commun 13, 4260 (2022).