本工具使用的是VFDB数据库(Virulence Factors of Pathogenic Bacteria),该数据库由中国医学科学院研发,是专门研究致病细菌、衣原体和支原体致病因子的数据库。推荐使用的阈值为:①Identity值大于80%;②Evalue值小于1e-5;③Coverage大于50%。
特别提示:
(1)本工具支持单次上传1-20个样品批量运行,超过20个样品需拆分多次上传;
(2)本工具不限定单样品的基因数量;
(3)本工具单次提交的样品序列文件,文件类型需保持一致,即单次都为Protein序列或都为CDS序列。
输入文件:
细菌样品,可输入基因预测得到的蛋白序列或者CDS序列文件。
支原体和衣原体,必须上传蛋白序列文件,不支持CDS序列文件。

小工具结果:
基于Core和All数据库的Alignment比对原始结果汇总表,以及毒力因子注释汇总表


2026-05-04 Version1:支持单样本基因数大于5000,支持单批次1-20个样品批量运行。