宏病毒组数据质量评估和前病毒检测

本工具用于宏病毒组数据的质量评估和前病毒检测，识别候选病毒序列的外源污染（如宿主DNA、质粒）或前噬菌体（Provirus），确保数据纯净性。

示例文件：

待注释contig文件，后缀名为*.fasta、*.fa、*.fas、*.fna、*.fnn等，提交文件后设置长度截止阈值，要求>=3000bp，如：3000

小工具结果：

contamination_prediction.tsv：候选病毒序列信息

Accession：输入序列的编号或名称；Length：输入序列的长度；Total_genes：序列中的基因数量（由 prodigal-gv 预测）；Viral_genes：病毒标记基因的数量；Prokaryotic_genes：原核生物标记基因的数量；Kmer_freq：20-mer的平均频率，此数值用于估算基因的拷贝数，通常，99.9%病毒的Kmer_freq值小于1.25；Contamination：污染状态；Provirus：序列是否为前病毒；Pure_viral：病毒纯度（高质量、中等质量或低质量）。

参考文献：

Nayfach, S., Camargo, A. P., Schulz, F., Eloe-Fadrosh, E., Roux, S., & Kyrpides, N. C. (2021). CheckV assesses the quality and completeness of metagenome-assembled viral genomes. Nature biotechnology, 39(5), 578-585.

Arndt, D., Grant, J., Marcu, A., Sajed, T., Pon, A., Liang, Y., Wishart, D.S. (2016) PHASTER: a better, faster version of the PHAST phage search tool. Nucleic Acids Res., 2016 May 3.

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