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RGI main（Resistance Gene Identifier main）是CARD（Comprehensive Antibiotic Resistance Database）团队开发的核心工具，用于识别微生物基因组或宏基因组数据中的抗生素抗性基因（ARGs）。它通过比对输入序列与CARD数据库中的抗性基因模型，预测耐药性机制并注释相关基因。
本工具可用于对多个样本批量进行耐药基因注释。
输入文件：
包含待分析序列（FASTA格式）的文件夹或 *.zip 压缩包，要求每个分离株基因组序列文件后缀为 fasta/fna/fa/faa，文件名中避免出现空格或中文字符，若需分隔符，建议使用下划线 '_'
小工具结果：
rgi_*/protein.txt
ORF_ID：检测到的 ORF（开放阅读框）编号；Start 和 Stop：起始和终止位置（若有）；Orientation：ORF 链方向：+（正链） / -（负链）；Cut_Off：筛选阈值策略：Strict（严格） / Perfect（完全匹配）；Pass_Bitscore：ORF 通过预测模型的 bitscore 值（衡量匹配质量）；Best_Hit_Bitscore：最佳匹配的参考序列 bitscore 值；Best_Hit_ARO：最佳匹配的 CARD 参考基因名称（ARO 标识；Best_Identities：与最佳参考序列的氨基酸相似度（%）；ARO：匹配的 ARO 编号（CARD 唯一标识）；Model_type：预测模型类型（如：蛋白同源模型）；SNPs_in_Best_Hit_ARO：相对于最佳参考序列的 SNP 数量（n/a表示无数据）；Other_SNPs：其他 SNP 信息（n/a表示无数据）；Drug Class：耐药药物类别（多个以 ;分隔）；Resistance Mechanism：耐药机制；AMR Gene Family：耐药基因家族；Predicted_DNA：ORF 的预测 DNA 序列；Predicted_Protein：ORF 的预测蛋白质序列；CARD_Protein_Sequence：CARD 参考数据库中匹配的蛋白质序列；Percentage Length of Reference Sequence：预测蛋白与参考蛋白的长度百分比（覆盖度）；ID：唯一标识符；Model_ID：预测模型 ID；Nudged：未修正为完整 ORF 的标记（默认为空或 0）；Note：备息；Hit_Start/ Hit_End：匹配在参考序列上的起止位置；Antibiotic：抵抗的具体抗生素（多个以 ;分隔）
软件版本：Resistance Gene Identifier - 6.0.4
参考文献：
Alcock et al. 2023. CARD 2023: expanded curation, support for machine learning, and resistome prediction at the Comprehensive Antibiotic Resistance Database. Nucleic Acids Research, 51, D690-D699 [PMID 36263822]
当前版本为1.0版本，上架时间为：2025-10-09