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本工具用于基于BLAST进行核酸序列多序列比对，可选择不同的比对算法以适应不同使用场景，如使用blastn-short算法进行引物特异性评估
比对模式说明：
| 高速、高严格度 | 比对高度相似（≥95% 同源性）的长序列，例如： | 使用长种子序列（28bp）的贪婪算法。要求连续匹配的种子区域才能启动延伸，因此速度极快，但对错配（差异）非常敏感。 | ⚡⚡⚡ |
| 中等速度与灵敏度 | 比对中度相似的序列，例如： | 使用不连续种子（如模式 | ⚡⚡ |
| 高灵敏度、低速度 | 寻找低相似度的序列，例如： | 使用短种子（11bp）进行搜索。种子短，更容易找到匹配点，因此灵敏度最高，但也会导致速度最慢，并可能产生更多无关的随机匹配，需仔细评估E值。 | ⚡ |
| 为短序列优化 | 专门用于短序列查询（长度 ≤ 50 bp），例如： | 调整了打分矩阵和参数设置，优化了短序列的比对能力，避免因其长度短、错配容忍度低而被过滤掉。查询序列长于30bp时，效果开始下降。 | ⚡⚡ |
输入文件：
查询序列（Query Sequence）：核酸序列文件，FASTA格式，待分析的序列，当进行短序列查询(如:引物特异性评估)，要求每条序列长度 <50bp ，比对模式选择 blastn-short 。
参考序列（Reference Sequence，用于建库）：参考序列是用于构建BLAST数据库的已知序列集合。这些序列通常来自公共数据库（如NCBI的GenBank、UniProt等）或用户自定义的序列集（如全基因组序列），BLAST会将查询序列与这些参考序列进行比对。
小工具结果：
blast_results.xls
query id：查询序列ID标识；refer id：参考序列ID标识；identity (%)：序列比对的一致性百分比；alignment length：符合比对的比对区域的长度；mismatches：比对区域的错配数；gap openings：比对区域的gap数目；q.start：比对区域在查询序列上(query id)的起始位点；q.end：比对区域在查询序列上(query id)的终止位点；s.start：比对区域在参考序列上(refer id)的起始位点；s.end：比对区域在参考序列上(refer id)的终止位点；e-value：比对结果的期望值，将比对序列随机打乱重新组合，与数据库进行比对，如果功能越保守，则该值越低；bit score：比对结果的bit score值；qcovs：查询的覆盖率。
当前版本为1.0版本，上架时间为：2025-09-05