金黄色葡萄球菌SCCmec元件识别

 本工具基于SCCmec开发，用于金黄色葡萄球菌SCCmec元件识别

SCCmec 是一个专门用于在基因组组装序列中对 SCCmec 盒式（Staphylococcal Cassette Chromosome mec）进行分型的生物信息学工具。SCCmec 盒式是金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）等细菌中携带的耐甲氧西林基因（mec 基因）的移动遗传元件，与细菌的抗生素耐药性密切相关。该软件通过分析输入的 FASTA 格式序列文件，结合预定义的目标序列（targets）和区域序列（regions），以及相应的 YAML 配置文件，进行序列比对和分类，以确定 SCCmec 盒式的类型。

输入文件：

FASTA格式的金黄色葡萄球菌全基因组序列文件

小工具结果：

 {PREFIX}.tsv

type：预测的类型（基于目标序列和完整盒式）；subtype：预测的子类型（基于完整盒式）；mecA：mecA 基因状态（+=存在，-=不存在或非显著匹配）；targets：与给定类型匹配的目标序列；regions：与给定类型匹配的区域序列；coverage：区域列中完整盒式的覆盖率；hits：构成完整盒式覆盖率的匹配次数；target_schema：用于基于目标序列确定类型的模式；target_schema_version：用于基于目标序列确定类型的模式版本；region_schema：用于基于完整盒式确定类型的模式；region_schema_version：用于基于完整盒式确定类型的模式版本；camlhmp_version：用于确定类型的 camlhmp 版本；params：用于确定类型的参数；target_comment：关于目标序列结果的简短注释；region_comment：关于区域序列结果的简短注释；comment：关于最终结果的简短注释

软件版本：schema sccmec_targets, version 1.2.0；schema sccmec_regions, version 1.2.0

当前版本为1.0版本，上架时间为：2025-08-27

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