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本工具用于识别质粒的多位点基因型（MLST）、双位点基因型（double-locus sequence typing，DLST）以及复制子基因型（replicon sequence typing，RST）。其参考序列数据来自PubMLST（BIGSdb数据库的成员）的pMLST数据库，涵盖IncA/C、IncF、IncHI1、IncHI2、IncI1，和IncN这六种不相容性（incompatibility）群。与PlasmidFinder相同，pMLST接受FASTQ格式reads以及FASTA格式组装序列输入。
pMLST 支持以下质粒分型方案：
- 1.
incac- IncA/C 不相容群 - 2.
incf- IncF 不相容群 - 3.
inchi1- IncHI1 不相容群 - 4.
inchi2- IncHI2 不相容群 - 5.
inci1- IncI1 不相容群 - 6.
incn- IncN 不相容群 - 7.
pbssb1-family- PBS1 噬菌体单链结合蛋白家族 - 8.
shigella- 志贺氏菌质粒
如何选择合适的方案
选择合适的方案取决于您要分析的质粒类型：
- 1.临床分离株：通常使用
incf（IncF 质粒常见于临床环境） - 2.多重耐药质粒：考虑
incac或inchi1/2 - 3.志贺氏菌：使用
shigella - 4.如果不确定：可以尝试运行多个方案或使用质粒查找工具（如 PlasmidFinder）先确定质粒类型
输入文件：
FASTA格式组装序列输入
小工具结果：
results.txt
软件版本：2.0.1-5-g5618093
参考文献：
Lund O , Villa L , Aarestrup F M , et al. PlasmidFinder and pMLST: in silico detection and typing of plasmids.[J]. antimicrobial agents & chemotherapy.
当前版本为1.0版本，上架时间为：2025-08-22