沙门氏菌血清分型（SeqSero2）

本工具用于基于沙门氏菌分离株全基因组序列进行血清型预测。

输入文件：

沙门氏菌分离株全基因组序列（FASTA格式）

小工具结果：

Sample name： 输入文件的样本名称；O antigen prediction： O抗原（菌体抗原）预测结果；H1 antigen prediction(fliC)： 第一相H抗原（鞭毛抗原）预测结果，通常用小写英文字母表示（如 a, b, c, d, i, v 等）；H2 antigen prediction(fljB)： 第二相H抗原（鞭毛抗原）预测结果；Predicted identification： 预测的菌种/亚种分类；Predicted antigenic profile： 预测的抗原式（抗原公式），这是将O抗原和H抗原的预测结果按照标准的考夫曼-怀特（Kauffmann-White）分类方案组合起来的格式，格式为 O抗原 : 第一相H抗原 : 第二相H抗原；Predicted serotype：预测的血清型，这是最终的预测结果，根据抗原式对应出的血清型名称，血清型是沙门氏菌分类和命名的核心单位，例如伤寒沙门氏菌（Typhi）、鼠伤寒沙门氏菌（Typhimurium）、肠炎沙门氏菌（Enteritidis）等。

软件版本：SeqSero2_package.py 1.3.1

参考文献：

Zhang S, Den-Bakker HC, Li S, Dinsmore BA, Lane C, Lauer AC, Fields PI, Deng X. SeqSero2: rapid and improved Salmonella serotype determination using whole genome sequencing data. Appl Environ Microbiology. 2019 Sep; 85(23):e01746-19. PMID: 31540993

Zhang S, Yin Y, Jones MB, Zhang Z, Deatherage Kaiser BL, Dinsmore BA, Fitzgerald C, Fields PI, Deng X.
Salmonella serotype determination utilizing high-throughput genome sequencing data.
J Clin Microbiol. 2015 May;53(5):1685-92. PMID: 25762776

当前版本为1.0版本，上架时间为：2025-08-22

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