大肠埃希菌亚群分类和鉴定（ClermonTyping）

本工具基于全基因组数据对大肠埃希菌进行亚种分型

埃希氏菌属（Escherichia）包括艾伯特埃希菌（E. albertii）、弗格森埃希菌（E. fergusonii）、五个埃希菌隐蔽进化枝以及严格意义上的大肠埃希菌（E. coli sensu stricto）。其中大肠埃希菌可进一步划分为七个主要系统群（phylogroup），分别命名为A、B1、B2、C、D、E和F。由于这些物种/系统群具有特定的生存方式和宿主偏好性，它们的鉴定对流行病学研究具有重要意义。

系统群G是大肠杆菌物种中一个新近被确认且具有独特基因组特征的进化谱系，由 Clermont等人 通过多重PCR技术正式提出，并将其描述为系统群B2和F之间的一个“中间”系统群（intermediate phylogroup），生态分布和宿主偏好目前仍不完全清楚。

传统表型检测法无法准确识别非严格意义大肠埃希菌及各类系统群。Clermont及其团队开发的PCR检测方法实现了对大多数物种/系统群的鉴定，其中三重/四重PCR技术已成为大肠埃希菌系统群分型最常用的方法。随着全基因组测序技术的普及，研究者开发了ClermonTyping方法及其网络交互界面ClermonTyper。该工具能够将菌株序列精准归类至艾伯特埃希菌、弗格森埃希菌、埃希菌隐蔽进化枝（I-V）和严格意义上的大肠埃希菌phylogroup （A-F）。

ClermonTyping延续了体外PCR检测的设计理念，保持了操作简便和快速高效的特点。该计算机分析方法与体外PCR检测结果的吻合度达99.4%，与Mash基因组聚类工具的一致性达98.8%。极少数误差主要源于水平基因转移或引物中的单核苷酸多态性（SNP）。

输入文件：

基因组预组装结果（FASTA格式），支持提交单个基因组或包含多个目标基因组的文件夹，输入文件后缀为 *.fasta/*.fa

小工具结果：

clermonTyping_phylogroups.txt：ClermonTyping的最终输出

第一列：被分析样品的名称；第二列：PCR检测到的所有基因（包括可能无用的验证基因）；第三列：在四重列中，目标基因（arpA, chuA, yjaA,TspE4.C2）的存在(+)/缺失（-）表示；第四列：当四重PCR结果不明确时，该列显示C组和E组的特异性等位基因；第五列：关于系统群的最终结论。

软件版本：Clermont Typing Current version : 24.02 (Fev. 2024)

参考文献：

Beghain, J., Bridier-Nahmias, A., Le Nagard, H., Denamur, E. & Clermont, O. ClermonTyping: an easy-to-use and accurate in silico method for Escherichia genus strain phylotyping. Microbial Genomics (2018). doi:10.1099/mgen.0.000192

当前版本为1.0版本，上架时间为：2025-08-12

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