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本工具用于大肠杆菌血清分型、志贺毒素分型和病理分型
大肠杆菌是公共卫生关注的优先食源性病原体，也是流行的模式生物。血清分型、毒素分型和病理分型等表型特征为监测和疫情检测活动和研究提供了关键信息，包括来源归因、疫情集群分配、致病潜力、风险评估等。ECTyper使用全基因组测序 （WGS） 进行大肠杆菌表征，包括物种鉴定、涵盖 O 和 H 抗原的计算机血清分型、志贺毒素分型和 DEC 病理分型。
输入数据：
基因组预组装结果（FASTA格式），支持提交单个基因组或包含多个目标基因组的文件夹
小工具结果：
blastn_output_alleles.txt：O 和 H 抗原数据库的 BLASTN 比对结果
output.tsv：血清分型结果
Name：样本名称（通常为唯一标识符）；Species：物种信息（用于识别样本污染或标签错误）；O-type：O抗原分型；H-type：H抗原分型；Serotype：血清型预测结果（包含O和H抗原）；QC：质量控制状态（预测结果的整体可信度）；Evidence：用于分型的等位基因总数；GeneScores：ECTyper抗原基因评分（范围0-1）；AllelesKeys：匹配的数据库等位基因标识符；GeneIdentities(%)：等位基因匹配度（百分比）；GeneCoverages(%)：等位基因覆盖度（百分比）；GeneContigNames：等位基因所在contig名称；GeneRanges：等位基因的基因组坐标；GeneLengths：等位基因长度；Database：数据库版本及发布日期；Warnings：警告信息（与质量控制或错误相关）；Pathotype：致病型分类，EPEC（肠致病性大肠杆菌）或 STEC（产志贺毒素大肠杆菌）；PathotypeCounts：致病基因数量；PathotypeGenes：检出的致病基因；PathotypeGeneNames：致病基因功能描述；PathotypeAccessions：致病基因参考序列号；PathotypeAlleleIDs：致病基因等位基因ID；PathotypeIdentities(%)：致病基因一致性；PathotypeCoverages(%)：致病基因覆盖度；PathotypeGeneLengthRatios：检测基因长度/参考长度；PathotypeRuleIDs：致病型判定规则，如：16:EPEC:eae+!stx1+!stx2（基于eae阳性且stx阴性）；PathotypeGeneCounts：各致病型基因统计；PathoDBVer：病原型数据库版本；StxSubtypes：志贺毒素亚型；StxAccessions：Stx基因参考序列号；StxAlleleIDs：Stx等位基因ID；StxAlleleNames：Stx基因功能；StxIdentities(%)：Stx基因一致性；StxCoverages(%)：Stx基因覆盖度；StxLengths：Stx基因长度（bp）；StxContigNames：Stx基因所在Contig；StxCoordinates：Stx基因在Contig上的坐标
软件版本：ectyper 2.0.0
数据库版本：database version 1.0
参考文献：
Bessonov, Kyrylo, Chad Laing, James Robertson, Irene Yong, Kim Ziebell, Victor PJ Gannon, Anil Nichani, Gitanjali Arya, John HE Nash, and Sara Christianson. "ECTyper: in silico Escherichia coli serotype and species prediction from raw and assembled whole-genome sequence data." Microbial genomics 7, no. 12 (2021): 000728. https://www.microbiologyresearch.org/content/journal/mgen/10.1099/mgen.0.000728
当前版本为1.0版本，上架时间为：2025-08-11