大肠杆菌分离株血清型预测（SerotypeFinder）

本工具用于基于SerotypeFinder识别大肠杆菌总测序分离株或部分测序分离株中的血清型。

SerotypeFinder是由Joensen等学者开发的一款基于全基因组序列的分析工具，用于预测大肠埃希菌的血清型。该工具通过识别特定O抗原基因（wzx、wzy、wzm、wzt）和H抗原基因（fliC、flkA、fllA、flmA、flnA）进行分型，其结果与传统的血清学实验结果高度一致。

输入文件：

大肠杆菌分离株的全基因组数据或包含抗原基因的FASTA格式文件

小工具结果：

output.tsv

gene：匹配的血清型特异性基因名称；serotype：预测的血清型类型；identity：序列比对相似度（%）；HSP_length：高得分片段长度（High-scoring Segment Pair）；template_length：参考基因数据库中的模板序列全长；position_in_ref：匹配片段在参考基因上的位置区间；contig_name：输入序列中匹配到的contig编号及信息；positions_in_contig：匹配片段在contig上的物理位置；accession：参考序列在数据库中的编号（如GenBank编号）；coverage：参考基因被覆盖的比例（%）；hit_id：唯一匹配标识符

软件版本：SerotypeFinder 2.0.1

数据库版本：1.0.0 (2022-05-16)

参考文献：

1. Camacho C, Coulouris G, Avagyan V, Ma N, Papadopoulos J, Bealer K, Madden TL. BLAST+: architecture and applications. BMC Bioinformatics 2009; 10:421.
2. Clausen PTLC, Aarestrup FM, Lund O. Rapid and precise alignment of raw reads against redundant databases with KMA. BMC Bioinformatics 2018; 19:307.
3. Joensen, K. G., A. M. Tetzschner, A. Iguchi, F. M. Aarestrup, and F. Scheutz. 2015. Rapid and easy in silico serotyping of Escherichia coli using whole genome sequencing (WGS) data. J.Clin.Microbiol. 53(8):2410-2426. doi:JCM.00008-15 [pii];10.1128/JCM.00008-15 [doi]

当前版本为1.0版本，上架时间为：2025-08-11

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