细菌SNP距离矩阵和系统发育树构建（MINTyper ）

本工具基于 MINTyper 进行细菌SNP 距离矩阵和系统发育树构建，输入文件为包含二代/三代测序原始数据的文件夹或 zip 压缩包，输入文件中需包含多个样本

mintyper 专为疫情爆发检测中的 SNP 分型设计，特点包括：精准聚类高同源性的细菌分离株；支持高噪声长读长数据（如 Nanopore）； 基于 SNP 距离矩阵实现快速分析

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  输入数据：

• 包含二代/三代测序原始数据的文件夹或 zip 压缩包，输入文件中需包含多个样本

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• 至少指定一种测序平台数据：--illumina [R1.fq R2.fq]Illumina 双端测序文件（必须成对提供）--nanopore [FASTQ]Nanopore 长读长数据--iontorrent [FASTQ]IonTorrent 数据
  
  
  小工具结果：
  输出包括松散 phylip 格式的距离矩阵 （distmatrix.phy）、所有分析读数的组合 VCF 文件 （Combined.vcf.gz）、生成的系统发育树的 newick 文件 （outtree.newick）、一个集群文件。此外，还会创建一个包含共有序列、单个 VCF 和比对文件的数据文件夹。
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• 软件版本：mintyper 1.1.2
  
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• 参考文献：

• Hallgren MB, Overballe-Petersen S, Lund O, Hasman H, Clausen PTLC. MINTyper: an outbreak-detection method for accurate and rapid SNP typing of clonal clusters with noisy long reads. Biol Methods Protoc. 2021 Apr 21;6(1):bpab008. doi: 10.1093/biomethods/bpab008. PMID: 33981853; PMCID: PMC8106442.

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当前版本为1.0版本，上架时间为：2025-08-08

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