铜绿假单胞菌血清分型（PAst v3）

本工具用于根据全基因组序列组装数据对铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa）分离株进行快速可靠的计算机血清分型。

输入文件：

包含基因组组装结果（fasta格式）的文件夹路径

小工具结果：

serotyping.txt：预测血清群的结果摘要

filename ：输入的待分析基因组文件的名称；serotype ：血清型，PAst分析得出的最终结论，即该铜绿假单胞菌菌株属于哪个O血清型；%coverage of OSA： O抗原基因簇覆盖率，表示被测基因组的序列与PAst数据库中该血清型标准O抗原基因簇（O-antigen gene cluster）的匹配覆盖程度，以百分比形式显示，值越高越好，通常>90%或95%就认为覆盖率非常好，结果非常可靠，如果这个值非常低（例如<70%），则可能意味着分型结果不可靠，需要进一步检查；OSA fragments ：O抗原基因簇碎片数，表示被测基因组的O抗原基因簇是由多少条独立的DNA序列片段（Contigs）组装而成的，值越低越好，理想状态是 1，意味着完整的O抗原基因簇被完整地组装在一条连续的序列中，没有任何中断，这表明组装质量极高，结果最可靠，2 表示该基因簇由2条片段组成，组装质量很好，如果这个数值很高（例如>5），说明基因组组装比较碎片化，O抗原基因簇可能被拆得很散。这可能会影响%coverage的计算和分型结果的准确性，需要谨慎对待。

BLASTGCF_*.fna：每个输入基因组的 BLAST 报告

O*-OSA_*.fna：从每个输入基因组中提取的 OSA 簇的 Multifasta 文件

软件版本：Pseudomonas aeruginosa serotyper (PAst) v3

当前版本为1.0版本，上架时间为：2025-07-25

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