基因组PHI病原与宿主互作数据库注释

基因组PHI病原与宿主互作数据库注释，支持基于contig或预测得到的蛋白序列进行PHI数据库注释。

输入文件：

单菌基因组或宏基因组组装结果

蛋白序列文件

小工具结果：

prodigal.csv：

SequenceID：基因组序列的标识符；Feature_Type：特征类型，描述基因组中的特征类型；Start：基因起始位置；End：基因结束位置；GeneID：基因唯一标识符；Direction：基因方向，+表示正向链，-表示反向链；Partial：序列是否是部分序列，通常“00”表示该序列完整；Start_Type：编码区域起始的序列类型（例如：“ATG”表示典型的起始密码子）；RBS_Motif：与序列相关的核糖体结合位点（RBS）序列；RBS_Spacer：起始密码子与核糖体结合位点之间的间隔长度（例如：“5-10bp”表示间隔为5到10个碱基对）；GC_Content：序列的GC含量，表示序列中鸟嘌呤（G）和胞嘧啶（C）碱基的比例（例如：“0.556”表示56.6%的GC含量）。

gene_phi_anno.csv：

GeneID：基因的唯一标识符；ProteinID：蛋白质的唯一标识符；PHI_MolConn_ID：GenBank标识符；PHI_MolConn_ID：与PHI（Pathogen-Host Interactions，病原体-宿主相互作用）相关的分子连接标识符；Gene_name：基因名称；Pathogen_species：病原物种；Disease_name：引起的疾病名称；Host_description：宿主的描述信息；Experimental_host_species：实验中的宿主物种；Function：基因或蛋白质的功能描述；...

数据库版本：4.18

参考文献：

Martin Urban, Alayne Cuzick, James Seager, Nagashree Nonavinakere, Jahobanta Sahoo, Pallavi Sahu, Vijay Laksmi Iyer, Lokanath Khamari, Manuel Carbajo Martinez, Kim E Hammond-Kosack, PHI-base – the multi-species pathogen–host interaction database in 2025, Nucleic Acids Research, Volume 53, Issue D1, 6 January 2025, Pages D826–D838, 

当前版本为1.0版本，上架时间为：2025-07-09

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