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抗菌素耐药性 （AMR） 仍然是公共卫生和研究中的关键挑战。AmrProfiler 是一个全面的工具，具有三个专用模块：识别近 18,000 种细菌物种的获得性 AMR 基因、耐药相关点突变和 rRNA 基因突变。通过集成和优化来自已建立数据库的数据，它为 AMR 分析提供了一个强大的框架。AmrProfiler 是第一个系统报告 rRNA 基因突变的工具，可对 rRNA 拷贝数和突变进行深入分析，这是识别潜在 rRNA 相关耐药机制的关键。其精选数据库包括 7,600 个独特的 AMR 基因条目、245 个耐药性相关基因和 4,300 多个突变，以及 rRNA 基因拷贝数和突变的详细目录。AmrProfiler 支持多种格式的基因组组装，允许用户自定义 AMR 基因、突变和 rRNA 分析的检测阈值。鲍曼不动杆菌、大肠杆菌、肺炎克雷伯菌、金黄色葡萄球菌和表皮葡萄球菌的验证表明，AmrProfiler 准确识别了其他工具报告的所有 AMR 基因和突变，同时还检测到以前未识别的其他耐药标记和突变。通过桥接 AMR 基因型和表型，AmrProfiler 提供了可作的见解，以推进抗菌素耐药性的研究和临床应用。
AmrProfiler 依赖于 RefSeq 数据库（于 2025 年 1 月 6 日下载）。它是在 Python 3.9.5 中实现的，并使用了 Biopython 库（v1.79）和 BLAST+ 套件（v2.9.0）中的实用程序。
示例文件：
细菌基因组文件（fasta格式），需提前获取菌株物种信息（拉丁名）
小工具结果：
final_results_tool1.csv：
Contig ID：检出耐药基因的重叠群标识符；Resistance Gene：耐药基因名称（如 bepC, Bsui_mprF）；Name of the product of the Resistance Gene：基因编码蛋白的功能描述；Gene ID：数据库中的基因唯一标识符；Identity：查询序列与参考序列的核苷酸/氨基酸相似度百分比；Coverage：参考基因被比对覆盖的长度比例（如 100%表示完整覆盖）；Mismatches：比对中与参考序列不匹配的位点数量；Gaps：比对中存在的空位（gap）数量（如插入缺失）；Antibiotic Class：基因对应的耐药机制大类（如 EFFLUX外排泵，peptide antibiotic肽类抗生素）；Antibiotic Subclasses from the Databases：更细分的耐药亚类；Comments based on the results of Blastx：功能注释结论；Resistance Mechanism：耐药机制（如 "antibiotic target alteration" 靶标修饰）；Query Start & Query Stop：基因在重叠群序列上的起止位置；Reference Start & Reference Stop：基因在参考序列上的起止位置；Genbank Accession：参考序列在GenBank的访问号；Pubmed：支持该基因的文献ID；Database：参考数据来源；Notes for the gene in the Database：补充信息（如 ARO:3003772表示CARD数据库的唯一标识）；Alignment Length：比对的序列长度；Reference length：参考基因的完整长度；E-value：比对的统计学显著性（值越小越显著，0表示完全匹配）；BitScore：比对质量的量化评分（值越高可靠性越强）；Genome Protein Sequence：查询序列翻译的蛋白质氨基酸序列；Protein Reference Sequence：参考数据库中的标准蛋白氨基酸序列。
core_genes_of_this_species.csv
Species：物种名称；Reference_genome：基因组参考编号；Core genes found in the reference genome：核心基因集。
rRNA_mutations_results.csv：
Contig ID：检出rRNA的重叠群标识符；rRNA gene ID：基因的唯一标识符，包含类型和位置（如 16S ribosomal RNA(NC_003317.1_rrna_BME_RS00940_4)）；Differences from reference gene：当前序列与参考序列的核苷酸差异（示例中均为 No changes，表示完全匹配）；* Known Mutations：该物种中已报道的rRNA突变位点（示例中未发现突变）；Other Species Known Mutations：其他物种中已知的rRNA突变；rRNA Copy Sequence：当前重叠群中检出的rRNA完整核苷酸序列；rRNA Copy Reference Sequence：数据库中的标准rRNA参考序列；...
参考文献：
- Skoulakis, A., Kostoula, V., Daniilidis, K., Gkountinoudis, C.-G., Petinaki, E., & Hatzigeorgiou, A. G. (2025). AmrProfiler: a comprehensive tool for identifying antimicrobial resistance genes and mutations across species. Nucleic Acids Res., gkaf400. doi: 10.1093/nar/gkaf400
当前版本为1.0版本，上架时间为：2025-07-10