Contig物种注释（MMseqs2 +GTDB_v95）

使用了 MMseqs2 软件进行生物序列的分类注释和结果整理。

MMseqs2 是一个高效的序列比对和数据库搜索工具，广泛应用于大规模基因组数据的处理和分析。

GTDB（Genome Taxonomy Database）是一个专注于基因组分类学的数据库，旨在提供高质量的细菌、古细菌、叶绿体和线粒体的分类信息。通过使用全基因组信息，GTDB提供了多级别的分类，包括域、界、纲、目、科、属等级别。其系统发育分类系统使得研究人员能够深入了解生物的演化和功能。GTDB主要以细菌中普遍存在的120个单拷贝蛋白质（bac120）和古菌中53个（arc53，从R07-RS207开始）标记蛋白为基础，在对多分组类别消歧后，根据相对演化散度标准化和分级，得到基因组分类结果。

示例文件：

待注释contig文件，包含需要进行注释的contig，后缀名为*.fasta、*.fa、*.fas、*.fna、*.fnn等。

小工具结果：

taxonomyResult.tsv

参考文献：

• Parks, D.H., et al. (2021). "GTDB: an ongoing census of bacterial and archaeal diversity through a phylogenetically consistent, rank normalized and complete genome-based taxonomy.
  " Nucleic Acids Research, https://doi.org/10.1093/nar/gkab776.
• Steinegger M and Soeding J. MMseqs2 enables sensitive protein sequence searching for the analysis of massive data sets. Nature Biotechnology, doi: 10.1038/nbt.3988 (2017).

当前版本为1.0版本，上架时间为：2025-07-10

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