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SourceTracker微生物来源分析

本工具可以识别相关各组间来源的分析,如具体的问题:婴儿的肠道菌群有哪些继承了母亲的肠道菌群、哪些来自阴道菌群、哪些来自皮肤法医学的应用,尸体中的菌群与来源土壤的鉴定、腐败菌来自本身,还是周围环境河流污染物的来源分析、周围工厂、农田、养殖厂对河流污染的贡献和来源追溯。
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SourceTracker 是一款基于贝叶斯算法的微生物来源追踪软件,它能够分析和预测微生物样本(Sink)中的微生物污染源或来源(Source)的组成比例。这个工具在微生物组研究领域有着广泛的应用,如追踪婴儿肠道菌群的来源、法医学中尸体菌群的来源鉴定、河流污染物的来源分析,以及植物菌组形成过程的研究等。

示例文件:

分组信息文件,至少需要包含指定列,Env(处理或分组),SourceSink(source/sink),支持 .tsv、.txt 和 .csv 格式的表格文件



OTU/ASV/基因丰度信息文件,支持 .tsv、.txt 和 .csv 格式的表格文件



小工具结果:

source/sink_SourceTracker.pdf&png:不同颜色代表不同的微生物来源,图中的比例表示各来源在预测样本中的组成比例,未知来源标记为 "Unknown"。


软件版本:

    SourceTracker(Version 1.0)

参考文献:

1. Knights D, Kuczynski J, Charlson ES, et al. Bayesian community-wide culture-independent microbial source tracking [J]. Nature Methods, 2011, 8(9): 761.

2. Dominguez-Bello MG, De JKM, Nan S, et al. Partial restoration of the microbiota of cesarean-born infants via vaginal microbial transfer [J]. Nature Medicine, 2016, 22(3): 250-253.

当前版本为1.0版本,上架时间为:2025-07-01