Plascad质粒分类、ARGs 注释和质粒可视化

Plascad质粒分类、ARGs 注释和质粒可视化

小工具的主要功能包括：

1. 质粒分类:Plascad可以根据质粒携带的DNA转移相关蛋白(如relaxase、T4CP和T4SS)将质粒分为共轭质粒、可动性质粒和非可动性质粒三类。

2. AMR基因鉴定:该软件内置了一个全面的AMR基因数据库,可以快速准确地在质粒序列中检测各类AMR基因。

3. 质粒可视化:Plascad提供了一个基于Web的可视化界面,可以直观地展示质粒的结构和携带的AMR基因等信息。

示例文件：

待注释序列文件，后缀名为*.fasta、*.fa、*.fas、*.fna、*.fnn等。

小工具结果：

1. 质粒分类汇总文件(*_plasmids_classification_sum.txt)

该文件包含了所有输入质粒的分类结果,包括质粒ID、长度、GC含量以及其归属的三种质粒类型(共轭质粒、可动性质粒和非可动性质粒)。

2. 质粒转移相关基因和AMR基因注释文件(*_Conj_plasmids_loc_sum.txt)

对于共轭质粒和可动性质粒,该文件会列出它们携带的DNA转移相关基因(如relaxase、T4CP和T4SS)以及检测到的AMR基因。

3. 质粒可视化HTML文件(*_Conjugative_plasmids_map)

Plascad会为每个共轭质粒生成一个交互式的HTML可视化文件,展示质粒的基因组结构以及AMR基因的位置。用户可以在Web浏览器中打开这些文件进行查看和分析。

软件版本：

    Plascad （Version 1.17）

    prodigal（Version 2.6.3）

    hmmer （Version 3.4）

参考文献：

Y. CHE, et al., Conjugative plasmids interact with insertion sequences to shape the horizontal transfer of antimicrobial resistance genes. PNAS. 118(6):e2008731118. doi: 10.1073/pnas.2008731118

当前版本为1.0版本，上架时间为：2025-07-06

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