本工具基于单基因(若为多基因,请自行串联后按照单基因序列分析)序列经过全局比对后,构建进化树。
提示:
1、支持蛋白序列、核苷酸序列(长度<10kb)进化树构建,若为核苷酸序列,各个样本的序列,需要保持方向一致,一般推荐5'--3'的方向;
2、支持大量样本批量分析;
3、构建的进化树,可以通过iTOL平台进行可视化展示,若想关联展示各类信息,可以参考我们的课程《精通系统发育树美化与数据可视化:iTOL实战全攻略》网址:https://college.mimazi.net/course/article-64.html
使用MAFFT进行序列比对并根据核酸或蛋白类型调用FastTree生成系统发育树。
示例文件:
将所有需比对的序列保存到同一fasta格式文件中进行序列比对和系统发育树构建,支持核酸或蛋白序列的比对和建树
小工具结果:
Alignment.fa:对齐后的序列
output.nwk:进化树文件,可将其上传至itol进行可视化
软件版本:
MAFFT v7.526 (2024/Apr/26)
FastTree version 2.1.11 SSE3
当前版本为1.0版本,上架时间为:2025-07-01