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本工具基于单基因（若为多基因，请自行串联后按照单基因序列分析）序列经过全局比对后，构建进化树。
提示：
1、支持蛋白序列、核苷酸序列（长度<10kb）进化树构建，若为核苷酸序列，各个样本的序列，需要保持方向一致，一般推荐5'--3'的方向；
2、支持大量样本批量分析；
3、构建的进化树，可以通过iTOL平台进行可视化展示，若想关联展示各类信息，可以参考我们的课程《精通系统发育树美化与数据可视化：iTOL实战全攻略》网址：https://college.mimazi.net/course/article-64.html
使用MAFFT进行序列比对并根据核酸或蛋白类型调用FastTree生成系统发育树。
示例文件：
将所有需比对的序列保存到同一fasta格式文件中进行序列比对和系统发育树构建，支持核酸或蛋白序列的比对和建树
小工具结果：
Alignment.fa：对齐后的序列
Alignment.trimal.fa 修剪后的序列
output.nwk：进化树文件，可将其上传至itol进行可视化
软件版本：
MAFFT v7.526 (2024/Apr/26)
trimAl v1.5.rev1 (2025-11-25)
FastTree version 2.1.11 SSE3
参考文献：
1.Rozewicki J, Li S, Amada KM, Standley DM, Katoh K. MAFFT-DASH: integrated protein sequence and structural alignment. Nucleic Acids Res. 2019 Jul 2;47(W1):W5-W10. doi: 10.1093/nar/gkz342. PMID: 31062021; PMCID: PMC6602451.
2.Capella-Gutiérrez S, Silla-Martínez JM, Gabaldón T. trimAl: a tool for automated alignment trimming in large-scale phylogenetic analyses. Bioinformatics. 2009 Aug 1;25(15):1972-3. doi: 10.1093/bioinformatics/btp348. Epub 2009 Jun 8. PMID: 19505945; PMCID: PMC2712344.
3.Price MN, Dehal PS, Arkin AP. FastTree: computing large minimum evolution trees with profiles instead of a distance matrix. Mol Biol Evol. 2009 Jul;26(7):1641-50. doi: 10.1093/molbev/msp077. Epub 2009 Apr 17. PMID: 19377059; PMCID: PMC2693737.
当前版本为1.0版本，上架时间为：2025-07-01