PICRUSt2功能预测分析

PICRUSt2 (Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstruction of Unobserved States) 是一个从标记基因（一般是16S rRNA）测序数据预测功能丰度的软件。PICRUSt2集成了现有的开放源代码工具，以预测环境采样的16S rRNA基因序列的基因组。 OTU/ASV放置在参考树中，该树用作功能预测的基础。该参考树包含来自整合微生物基因组（IMG）数据库中细菌和古细菌基因组的20,000个完整16S rRNA基因。小工具运行需提交代表序列和制表符分隔特征表。

示例文件：

代表序列，后缀名为*.fasta、*.fa、*.fas、*.fna、*.fnn等

特征表（制表符分隔），每行一个特征（OTU），每列一个样本

小工具结果：

• out.tre，所有OTU代表序列构建的系统发育树文件。
  KO_metagenome_out/，该结果路径中记录了细菌群落KO（KEGG Orthology）功能的丰度预测结果。
  KO_metagenome_out/seqtab_norm.tsv，对于很多细菌而言，一个个体可能包含多条16S（多拷贝16S），因此在原始OTU 16S rRNA丰度表的基础上，根据物种所含16S rRNA拷贝数对物种丰度进行标准化，得到校正16S rRNA拷贝数后的OTU丰度表。
  KO_metagenome_out/pred_metagenome_unstrat.tsv，该文件中即为预测得到的细菌群落功能丰度表，记录了各样本中所包含KO功能的丰度，丰度计算由上述校正16S rRNA拷贝数标准化后的OTU丰度表推断得到。功能以KO ID为名称，代表了特定的功能基因。
  KO_metagenome_out/weighted_nsti.tsv，各样本预测功能的加权NSTI值，由OTU的NSTI值通过标准化后的丰度加权所得。
  EC_metagenome_out/，该结果路径中记录了细菌群落酶（EC）功能的丰度预测结果。文件结构同上述KO_metagenome_out/，不再展示。
  pathways_out/path_abun_unstrat.tsv，上述为预测得到的以KO ID为名称的KO功能，实则代表了特定的功能基因，将这些功能基因映射到具体的KEGG代谢途径（KEGG pathway）中，并统计各途径在各样本中的丰度，获得该表。
  KO_predicted.tsv和EC_predicted.tsv，两个矩阵文件中记录了OTU对预测功能丰度的贡献，即可以理解为每个OTU所代表的物种个体基因组中，分别有多少数量的基因与对应的KO功能或酶功能有关。如果期望关注哪些OTU是否对群落功能是重要的，这些表格（该表仅代表了单个物种个体基因组的特征，可能还需结合OTU的丰度信息）可以提供参考
  marker_predicted_and_nsti.tsv，记录了OTU代表物种基因组中，16SrRNA拷贝数以及功能预测的NSTI值信息。
  Intermediate/，一些中间文件。

当前版本为1.0版本，上架时间为：2025-05-26

• 客服电话：
  15618809518
• 客服手机：
  15618809518（微信同号）
• 联系邮箱：
  marketing@winnerbio.cn
• 客服微信：
• 微信公众号：