基因组评估（BUSCO）

使用BUSCO 5.8.0（https://busco.ezlab.org/busco_userguide.html）软件对组装结果进行评估。

BUSCO 的核心思想是：在每个特定门类的物种中，都会保守存在一组"单拷贝直系同源基因"（Universal Single-Copy Orthologs）。这些基因如果缺失，通常意味着你的组装或注释存在缺失、错误或不完整。BUSCO 利用了来自 OrthoDB 数据库的高质量保守基因集，对输入的序列进行比对，从而评估其完整性。

参考文献：

Mosè Manni, Matthew R Berkeley, Mathieu Seppey, Felipe A Simão, Evgeny M Zdobnov, BUSCO Update: Novel and Streamlined Workflows along with Broader and Deeper Phylogenetic Coverage for Scoring of Eukaryotic, Prokaryotic, and Viral Genomes. Molecular Biology and Evolution, Volume 38, Issue 10, October 2021, Pages 4647–4654.

输入文件：

基因组组装结果（fasta格式），可以是真核基因组组装结果，也可以是原核基因组组装结果。如果输入的是真核基因组组装结果，lineage选择“auto-lineage-euk”，如果输入的是原核基因组组装结果，lineage选择“auto-lineage-prok”。

输出结果：

short_summary.specific.*.txt

前5行为软件运行的基本信息，下方为运行的主要结果。

C-即完整性（Complete），n：1897，表示在BUSCO数据库中有1897个基因，检测完整的有1874个，所以整体上的完整性为98.8%；

S-表示完整且单拷贝的基因，D-表示完整且多拷贝的基因，C=S+D

F-表示只匹配到部分序列，不完整的基因

M-表示完全缺失的基因

n-表示该数据库包含的基因总数

C+F+M=100%

此版本为1.0，上架时间为20250616

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