耐药突变位点分析（PointFinder）

PointFinder 是一个用于检测细菌基因组中已知点突变耐药位点（point mutations related to antimicrobial resistance, AMR）的软件工具，尤其适用于在大肠杆菌、沙门氏菌、志贺菌、弯曲杆菌等重要病原体中进行已知耐药突变筛查。

分析原理：通过 BLAST 或 BWA 将输入序列与 PointFinder 数据库中对应物种的参考基因序列进行比对，识别在参考基因位置上发生的碱基变异，判断是否为已知的抗性突变位点。输出突变列表和对应的抗性药物解释

可分析的物种包括campylobacter（弯曲杆菌）、enterococcus_faecalis（粪肠球菌）、enterococcus_faecium（屎肠球菌）、escherichia_coli（大肠杆菌）、helicobacter_pylori（幽门螺杆菌）、klebsiella（克雷伯氏菌属细菌）、mycobacterium_tuberculosis（结核分枝杆菌）、neisseria_gonorrhoeae（淋病奈瑟菌）、plasmodium_falciparum（恶性疟原虫）、salmonella（沙门菌）、staphylococcus_aureus（金黄色葡萄球菌）。

输出结果：

1、*_blastn_results.tsv 突变详情

共5列

第一列，Mutation，突变发生的基因，以及发生位点，如acrR p.P161R表示acrR基因第161位的氨基酸由P突变为R；

第二列，Nucleotide change。核酸序列发生的变异，如CCG -> CGG表示发生了CCG到CGG的突变；

第三列，Amino acid change，氨基酸变异，如P -> R表示氨基酸由P突变为R；

第四列，Resistance，即该基因对应的抗性；

第五列，PMID，对应的文献编号；

2、*_blastn_prediction.txt 抗性基因分类统计表

第一列是样本名称，后面各列是抗生素类型，数字表示样本中包含对应抗性基因的数量。

此版本为1.0，上架时间为20250616

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