本工具是使用NCBI开发的SKESA软件对细菌基因组二代测序数据进行高质量组装。
软件版本：Version 2.4.0
软件介绍：
SKESA - Strategic K-mer Extension for Scrupulous Assemblies
SKESA是一款用于微生物基因组的从头序列读长组装器。它采用保守启发式算法，旨在在基因组的重复区域制造断裂。这使得其能够保持出色的序列质量，同时不会显著影响序列的连续性。
软件链接：https://github.com/ncbi/SKESA
软件文章：
Alexandre Souvorov, Richa Agarwala and David J. Lipman. SKESA: strategic k-mer extension for scrupulous assemblies. Genome Biology 2018 19:153. doi.org/10.1186/s13059-018-1540-z
Alexandre Souvorov, Richa Agarwala. SAUTE: sequence assembly using target enrichment. BMC Bioinformatics 22, 375 (2021). doi.org/10.1186/s12859-021-04174-9
特别提示：
（1）本工具主要针对于微生物测序数据进行组装，尤其是细菌基因组数据；
（2）本工具仅支持单个样品的组装，支持使用*.fq、*.fq.gz、*.fastq、*.fastq.gz格式的二代测序数据；
（3）测序量大小不能超过2Gb；
（4）可以提供原始数据，本工具会自动进行质控并生成clean reads用于组装；
（5）二代测序数据支持Illumina测序仪、华大测序仪等主流机型的双末端测序数据，读长PE150、PE250、PE300；
（6）基于二代测序数据组装的结果中，仍旧会含有较多gap，如果要想获得完整基因组，需要对组装结果进行单独的人工优化组装或者使用三代测序数据，基于我们平台微生物基因组的组装分析流程进行组装。
输入文件：
二代原始测序数据
输出结果：
基因组组装结果文件（*_skesa.fasta），推荐使用notepad++打开；
原始数据质控结果（*.html），统计原始数据质控前后的结果，使用网页打开；
此版本为1.0，上架时间为20250616