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基于平均核苷酸同一性的微生物基因组分类工具 (pyani)

批量计算基因组平均核苷酸一致性(pyani)#亲缘关系较近的菌株计算ANI使用ANIm法,较远使用ANIb法
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基于平均核苷酸同一性的微生物基因组分类工具 (pyani),输入文件为待分析基因组压缩包(*.zip),压缩包中要求仅包含需要分析的基因组文件


支持以下算法:

  1. ANIm: uses MUMmer (NUCmer) to align the input sequences

  2. ANIb: uses BLASTN+ to align 1020nt fragments of the input sequences

  3. TETRA: calculates tetranucleotide frequencies of each input sequence

  4. 注:亲缘关系较近的菌株计算ANI使用ANIm法,较远使用ANIb法


软件版本:pyani 0.3.0-alpha

当前版本为1.0版本,上架时间为:2025-06-03