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基于FastA比对文件提取SNP位点(SNP_site)

基于比对序列提取SNP位点
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基于fasta格式的比对文件提取SNP位点,生成fasta格式的结果文件。注意输入的序列必须是对齐之后的多序列文件,需保证每条序列的长度一样。

输入文件为fasta格式的多序列比对文件,输出结果为只包含SNP位点的多序列比对文件。


特别提示:

1、序列必须是fasta格式文件,可以是fa、fasta、fnn等等后缀;

2、序列必须是已经过Alignment之后的,每条序列是对齐的;

3、序列不能含有兼并碱基(R代表AG;Y代表CT;M代表AC;K代表GT;S代表GC;W代表AT;H代表ATC;B代表GTC;V代表GAC;D代表GAT;N代表ATGC)。


示例

输入文件:多序列比对文件

输出结果:提取出的所有SNP位点


当前版本为1.0版本,上架时间为:2025-06-03