微生物核心基因组比对和 SNP（单核苷酸多态性）检测（Parsnp软件）

微生物核心基因组比对和 SNP（单核苷酸多态性）检测

应用案例：

• 微生物种群分析：使用 Parsnp 对一组细菌基因组进行比对，分析其核心基因组，进而推断种群结构和进化历史。
• 病毒序列比对：针对病毒序列，Parsnp 可以快速生成核心基因组比对，辅助研究人员理解病毒的变异和传播。
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输入文件：

1. 参考基因组（FASTA格式）

2. 待分析基因组（FASTA格式），将所有待分析基因组上传到同一文件夹中，并在任务提交界面选中该文件夹，注意选中的文件夹仅允许待分析的基因组存在

输出文件：

• parsnp.xmfa是核心基因组比对。
• parsnp.ggr是由 harvest-toolkit 生成的比对的压缩表示。此文件可用于可视化与 Gingr 的对齐。
• parsnp.tree是得到的系统发育树，可通过itol等工具进行可视化

当前版本为1.0版本，上架时间为：2025-05-28

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