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MLST分析(批量注释)

MLST(Multi-Locus Sequence Typing)是一种基于核酸序列的细菌分型技术,主要用于微生物种群中菌株的分型鉴定。MLST通过细菌内保守但具有足够多态性的基因座(loci)(通常是6到10个)的核苷酸序列来区分不同的菌株。本工具用于批量进行基因组的MLST分型,小工具会自动匹配物种分类。将需要分型的基因组文件保存到同一个文件夹中,将其压缩为zip格式进行提交。
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MLST(Multi-Locus Sequence Typing)是一种基于核酸序列的细菌分型技术,主要用于微生物种群中菌株的分型鉴定。MLST通过细菌内保守但具有足够多态性的基因座(loci)(通常是6到10个)的核苷酸序列来区分不同的菌株。本工具用于批量进行基因组的MLST分型,小工具会自动匹配物种分类。将需要分型的基因组文件保存到同一个文件夹中,将其压缩为zip格式进行提交。


示例文件:

将需要分型的基因组文件保存到同一个文件夹中,将其压缩为zip格式进行提交。


小工具结果:

支持的物种类型:

aactinomycetemcomitans hinfluenzae ppentosaceus
abaumannii hparasuis pputida
achromobacter hsuis psalmonis
aeromonas kaerogenes ranatipestifer
aphagocytophilum kingella rhodococcus
arcobacter klebsiella sagalactiae
bbacilliformis koxytoca saureus
bcc leptospira sbsec
bcereus liberibacter scanis
bfragilis listeria schromogenes
bhenselae llactis_phage sdysgalactiae
blicheniformis lsalivarius senterica_achtman
bordetella mabscessus sepidermidis
borrelia magalactiae sgallolyticus
bpseudomallei manserisalpingitidis shaemolyticus
brachyspira mbovis shewanella
brucella mcanis shominis
bsubtilis mcaseolyticus sinorhizobium
bwashoensis mcatarrhalis_achtman smaltophilia
campylobacter mflocculare spneumoniae
campylobacter_nonjejuni mgallisepticum spseudintermedius
cbotulinum mhaemolytica spyogenes
cdifficile mhominis ssuis
cfreundii mhyopneumoniae staphlugdunensis
chlamydiales mhyorhinis sthermophilus
cmaltaromaticum miowae streptomyces
cperfringens mplutonius streptothermophilus
cronobacter mpneumoniae suberis
csepticum msciuri szooepidemicus
diphtheria msynoviae taylorella
dnodosus mycobacteria tenacibaculum
ecloacae neisseria tpallidum
ecoli oralstrep ureaplasma
ecoli_achtman orhinotracheale vcholerae
edwardsiella otsutsugamushi vibrio
efaecalis pacnes vparahaemolyticus
efaecium paeruginosa vtapetis
fpsychrophilum pdamselae vvulnificus
gallibacterium pfluorescens wolbachia
geotrichum pgingivalis xfastidiosa
hcinaedi plarvae ypseudotuberculosis_achtman
helicobacter pmultocida yruckeri

当前版本为1.0版本,上架时间为:2025-05-27