CheckV 是一款用于病毒基因组质量评估和完整性分析的自动化工具，尤其适用于宏基因组组装的病毒序列鉴定。
一、核心功能
宿主污染去除：通过比对病毒特异性HMM模型和宿主基因组数据库，识别并去除整合原病毒（provirus）两侧的宿主区域。
基因组完整性评估：
（1）AAI方法：基于与完整病毒基因组的平均氨基酸同一性（AAI），估算预期基因组长度，判断完整性（如>90%为高置信度）。
（2）HMM方法：通过病毒标记基因的覆盖度补充评估，适用于无近缘参考基因组的序列。
封闭基因组识别：检测直接/反向末端重复序列（DTR/ITR），结合重复序列的碱基模糊度（如Ns比例≤20%）和模式频率（如单碱基重复≤75%），判断是否为完整病毒基因组。
质量分层：将结果分为五类：完整（高/中置信度）、高质量（>90%完整性）、中等质量（50-90%）、低质量（<50%）、未确定
二、输出结果主要文件
quality_summary.tsv：综合质量评估结果（完整性、置信度、污染状态等）。
contig.tsv：每个contig的详细注释（基因数量、宿主基因比例等）。
completeness.tsv：完整性估算方法（AAI/HMM）及置信度。
三、输入文件格式
需输入组装后的基因组FastA格式文件，后缀名为*.fasta、*.fas、*.fa、*.fnn等。
当前版本为1.0版本，上架时间为：2025-05-26