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【转录组-宏基因组】Count数据转换为FPKM数值

本工具用于将转录组的基因表达丰度值表格数据或者宏基因组基因定量丰度值数据,转换为FPKM数值文件,以进行均一化处理,输入文件为制表符分隔文件,前两列分别为基因/序列标识符和其对应的长度(bp),其余各列为基因在不同样本中的定量结果
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本工具用于将转录组的基因表达丰度值表格数据或者宏基因组基因定量丰度值数据,转换为FPKM数值文件,以进行均一化处理。

Count:最基础、最直接的定量结果。它表示在测序完成后,通过比对软件(如STAR, HISAT2)或定量软件(如featureCounts, HTSeq)比对到某个特定基因(或转录本)上的测序reads(序列片段)的数量,是差异表达分析的首选输入数据

FPKM:全称Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped fragments,是转录组分析中用于量化基因表达水平的一种标准化指标,主要用于RNA测序(RNA-seq)数据的处理。其核心目的是消除测序深度(总测序量)和基因长度对原始计数(Count)的影响,从而更公平地比较不同基因或样本的表达水平,应用场景为同一样本内比较不同基因的相对表达水平,注意不同样本的FPKM总和不同,无法直接跨样本比较同一基因的表达量。


输入文件:

制表符分隔文件,前两列分别为基因/序列标识符和其对应的长度(bp),其余各列为基因在不同样本中的定量结果

小工具结果:

fpkm.csv

当前版本为1.0版本,上架时间为:2025-05-22