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转录组差异表达分析(DESeq2)

转录组差异表达分析,输入文件为样本分组信息文件和基因丰度信息文件
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转录组差异表达分析,输入文件为样本分组信息文件和基因丰度信息文件


输入文件:

 样本分组信息文件,包含两列内容,第一列为样本名称(Sample),第二列为分组信息(Group),确保输入文件列名与示例一致,支持tsv,txt 和 csv 格式文件

基因丰度信息文件,每一行代表一个特征,每列代表一个样本,支持tsv,txt 和 csv 格式文件


小工具结果:

res_diff_by_DESeq2_* - *.csv:若存在两个以上分组,会输出两两组别比较的结果,如:res_diff_by_DESeq2_B - A.csv

Comparison/Taxa/Method:标识比较组别、基因和分析方法;baseMean基因表达量的基础均值,表示该基因在所有样本中的平均表达量(归一化后);log2FoldChange:对数折叠变化(log2 Fold Change),表示两组间基因表达量的对数变化比率(以 2 为底);lfcSE:对数折叠变化的标准误差(Standard Error of log2FoldChange),反映 log2FoldChange 的变异性;stat:统计检验值(Wald 统计量),用于评估差异表达的显著性;P.unadj:未校正的 p 值,表示差异表达的原始统计显著性;P.adj:校正后的 p 值(调整后的 p 值),通过多重检验校正(如 FDR)降低假阳性率;Significance:差异表达的显著性水平,通常以星号表示(如 *** 表示高度显著)

Group:分组名称,表示样本所属的实验组或条件组(如A组、B组等);Taxa:基因ID;N:该组中用于统计分析的样本数;Mean:该基因在该组中所有样本的平均表达量或测量值;SD:标准差(Standard Deviation),反映该组中该基因表达量的离散程度或波动大小;SE:标准误(Standard Error),表示平均值的估计误差,等于标准差除以样本数的平方根(SD/√N)









当前版本为1.0版本,上架时间为:2025-05-22