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【转录组-宏基因组】Count数据转换为TPM数值

本工具用于将转录组的基因表达丰度值表格数据或者宏基因组基因定量丰度值数据,转换为TPM数值文件,以进行均一化处理。输入文件为制表符分隔文件,前两列分别为基因/序列标识符和其对应的长度(bp),其余各列为基因在不同样本中的定量结果
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本工具用于将转录组的基因表达丰度值表格数据或者宏基因组基因定量丰度值数据,转换为TPM数值文件,以进行均一化处理。

Count:最基础、最直接的定量结果。它表示在测序完成后,通过比对软件(如STAR, HISAT2)或定量软件(如featureCounts, HTSeq)比对到某个特定基因(或转录本)上的测序reads(序列片段)的数量,是差异表达分析的首选输入数据

TPM:全称是 Transcripts Per Million(每百万转录本数),是一种标准化的表达量单位,设计目标是为了解决Raw Count的两个主要局限(基因长度和测序深度的影响),从而使得:同一样本内,不同基因之间的表达量可以比较: 因为TPM近似表示了每个转录本分子在总转录本池中的相对占比(经过长度归一化);不同样本之间,同一个基因的表达量可以比较: 因为它已经按样本总有效测序量进行了归一化(“每百万”),主要应用于比较同一样本内不同基因的相对表达高低不同样本中同一基因的相对表达高低。


输入文件:

制表符分隔文件,前两列分别为基因/序列标识符和其对应的长度(bp),其余各列为基因在不同样本中的定量结果


小工具结果:

tmp.csv


当前版本为1.0版本,上架时间为:2025-05-20