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ABRicate是一款用于快速分析微生物基因组数据的软件，可以基于细菌基因组组装结果进行分析，软件自带多个数据库，可以帮助我们更轻松的检测抗生素耐药基因和毒力因子等。
支持以下数据库：
| NCBI | 基于NCBI的耐药数据库 |
| CARD | 基于CARD的耐药数据库 |
| VFDB | 基于vfdb毒力基因数据库 |
| ARG-ANNOT | 基于argannot耐药数据库 |
| Resfinder | 基于resfinder耐药数据库 |
| MEGARES | 基于megares耐药数据库 |
| EcOH | 用于大肠杆菌O/H抗原分析 |
| Ecoli_VF | 基于大肠杆菌毒力基因 |
| PlasmidFinder | 基于plasmidfinder用于质粒扫描 |
输入文件：
Fasta格式的基因组预组装结果文件
小工具结果：
*_out.txt：根据选择的数据库输出对应的注释结果，如：ncbi_out.txt
SEQUENCE：序列名称；START：匹配区域在序列上的起始位置；END：匹配区域在序列上的终止位置；STRAND：匹配区域所在的链，"+"表示正链，"-"表示负链；GENE：基因/质粒分型基因；COVERAGE：匹配的碱基范围及总长度，格式为“起止-终止/总长”，如1-251/251表示全长覆盖；COVERAGE_MAP：匹配覆盖的可视化表示，"="表示覆盖，"/"表示缺口；GAPS：匹配中的缺口数，格式为“实际缺口数/允许缺口数”；%COVERAGE：匹配区域占参考基因的百分比，100表示全长覆盖；%IDENTITY：匹配区域与参考基因的相似性百分比；DATABASE：匹配所用的数据库名称，如ncbi（基于NCBI的耐药数据库），plasmidfinder（质粒分型数据库）；ACCESSION：参考基因在数据库中的登录号（Accession Number）；PRODUCT：匹配到的基因或产物的详细名称；RESISTANCE：相关的耐药性信息
软件版本：abricate 1.0.1
https://github.com/tseemann/abricate
当前版本为1.0版本，上架时间为：2025-05-19