GO(Gene Ontology)功能注释弦图是一种用于可视化基因或蛋白质功能注释结果的图形化工具。它通常用于展示基因或蛋白质在不同生物学过程、细胞组分和分子功能方面的注释情况
优点:
直观性:弦图形式直观、易于理解,能够清晰展示不同功能间的关系。
比较性:可用于比较不同基因或蛋白质的功能注释情况,发现共同功能或差异。
信息丰富:能够将多个功能注释信息整合到一张图中,提供全面的功能展示。
缺点:
数据量限制:当数据量较大时,弦图可能会变得复杂难以解读。
不适用于所有情况:对于某些特定的功能注释数据,弦图可能不够直观或有效。
需要数据准确性:弦图依赖于准确的功能注释数据,数据质量的问题可能影响结果的解读。
输入文件:支持.tsv、.txt 和 .csv 格式的表格文件
GO富集结果:包含Category, ID, Term, Genes和adj_pval (adjusted p-value)列信息的数据框;Genes列中若包含多个基因,需以”,”分隔
基因列表,包含ID, logFC列信息的数据框,ID列标识需与富集结果中的gene列标识相同(小工具会将ID列基因统一转换为大写)
绘图展示目标Go term列表,不包含表头,需与富集结果中的term列标识相同(弦图中仅显示此列表中所包含条目)
小工具结果:
扇区:用于代表不同的GO term,它们之间通过颜色区分
节点:表示不同的功能注释项或基因/蛋白质,通常以圆形或其他形状表示
节点颜色:通过渐变色表示每个节点的差异倍数
连接线:连接不同节点和扇区之间的线条或弦,表示功能注释项之间的关联性或连接关系
当前版本为1.0版本,上架时间为:2025-05-16