本流程支持基于细菌基因组GBK文件提取各类基因和注释信息，并进行其他各类功能注释分析。GBK文件可以来自于NCBI等公共数据库平台，也可以是使用各类软件制作的文件。本流程中的GBK文件，可以是细菌基因组完成图（单条染色体或多条染色体，包含或不包含质粒）和扫描图（草图、draft基因组）的GBK文件。
基因预测：
CDS预测：Glimmer（http://ccb.jhu.edu/software/glimmer/index.shtml，V3.02）
tRNA预测：tRNAscan-SE（http://trna.ucsc.edu/software/）
rRNA预测：Barrnap（https://github.com/tseemann/barrnap/)
基因功能注释：
比对软件：DIOMAND（V0.9.24.125，http://github.com/bbuchfink/diamond）
比对数据库：
NR：NCBI创建并维护的非冗余蛋白数据库，数据库内容较为全面，可作为基因注释结果的主要参考。
Swiss-Prot（https://web.expasy.org/docs/swiss-prot_guideline.html）：由欧洲生物信息学研究所（European Bioinformatics Institute，EBI）维护的非冗余基因数据库，注释结果大多经过实验验证，可靠性较高，但收录基因数量很少。
Pfam（http://pfam.xfam.org/）：依赖于由多序列比对和隐马尔可夫模型（HMMs），可给出基因中包含的所有结构域信息。
COG（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/）：Clusters of Orthologous Groups of Proteins的缩写，可以对预测蛋白进行功能注释、归类以及蛋白进化分析。构成一个COG对应于一个古老的保守结构域，每个COG的蛋白被假定来自于同一个祖先蛋白。
GO（http://www.geneontology.org/）：基因本体论Gene Ontology的缩写，为标准化不同物种、不同数据库的生物学术语而创立的数据库，可获得标准化的功能描述信息。
KEGG（http://www.genome.jp/kegg/）：是系统分析基因功能，联系基因组和功能信息的大型知识库，其丰富的通路信息有助于从系统水平去了解基因的生物学功能，例如代谢途径、遗传信息传递以及细胞学过程等一些复杂的生物过程。
基因组圈图绘制：Circos Version 0.69-6（http://www.circos.ca）
特定数据库注释：
基因组岛：IslandViewer 4
前噬菌体：PHASTER
CRISPR-Cas系统：CRISPRFinder
碳水化合物活性酶：CAZy（http://www.cazy.org/）
毒力基因：VFDB
耐药基因：CARD&ResFinder
病原菌与宿主互作：PHI（http://www.phi-base.org/）
跨膜蛋白：TMHMM
转运蛋白：TCDB
分泌蛋白：SignalP（http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP）
次级代谢产物合成基因簇：antiSMASH
基于细菌gbk文件基因组全套注释流程，支持用户自主上传数据，针对上传数据进行全套基因组注释分析，用户可在结果展示页面对所有分析结果分模块进行查看，并可进行结果的筛选、排序、下载等操作。
本流程为Version 1.0版本，上线时间为2025年10月10日。