菌群微生物多样性QIIME2云分析流程

菌群微生物多样性QIIME2云分析流程支持从二代测序原始数据开始，生成特征表、物种注释结果，并实现结果的可视化和统计分析。

平台支持客户自主上传数据进行分析，用户可在云平台结果展示页面查看各个模块分析结果，并对结果进行筛选、比对等分析，也可以对相应结果进行下载。

详细操作步骤

Step1：注册登录（微信扫码+手机号验证）

网址：http://cloud.mimazi.net/login.html 或http://cloud2.mimazi.net:9001/login.html

首次使用请先点击上述网址进行注册，之后每次登录，只需要直接扫码登录即可。

Step2：选择云流程和设置参数

（1）初次使用，可以点击“7天试用”，可以免费使用7天；

（2）过期后，可以选择购买，分为月度型、半年型、全年型，在有效期内，均可直接使用；

（3）可以在“会员中心”--“项目中心”--“我的流程”，直接点击使用自己购买的流程，也可以直接在网站上直接选择“细菌基因组扫描图分析全套流程”，进行数据投递；

（4）填写参数信息，上传数据

建议先下载“示例”文件，查看详细的示例格式。

上传数据，建议使用http://cloud2.mimazi.net:9001网址登录，千兆网速。

A. 任务名称：自定义填写。建议填写可识别的项目名称，以便于自己可以精准地辨识出该任务具体分析的是什么样品；

B. 数据路径：选择存有数据的文件夹（不是具体的单个文件，是包含了所有待分析数据的文件夹！！！）；

C. 测序数据类型：支持双端（paired）和单端（single）测序结果；

D. 是否进行环境因子关联分析：如果选择 true，需要在原始数据路径中提供理化因子信息表（env.txt），流程会基于表格中信息执行环境因子关联分析，若无需进行环境因子关联分析，此处选择 false 即可；

E. 样本类型：提供的数据类型，可根据实际情况选择，16S 或 ITS；

F. 聚类水平：支持生成 ASV 或 OTU 水平的特征表，用于生成对应水平的代表序列和特征表；

G.特征的最低样本数阈值：用于根据特征在几个样本中出现对特征表进行筛选，值为2表明只有在至少2个样本中出现的特征才会被保留；

H.特征的最低出现频次：用于根据特征在所有样本中count值的和对特征表进行筛选，值为2表明只有所有样本中频次的和大于等于2次的特征才会被保留。

Step3：文件准备和格式确认

（1）二代NGS数据文件（必须提供）

流程支持从16S/ITS原始数据开始生成特征表，运行本流程，需提供各样本二代测序获得的原始数据（支持单端/双端测序结果）

（2）数据对照表（必须提供）

该文件应包含样本名与测序文件对应关系（制表符分隔 fqlist.txt）

（3）分组方案（必须提供）

该文件包含各样本的分组信息和实验设计（制表符分隔 group.txt）

（4）理化因子信息表（可选）

该文件包含各样本的理化性质或环境因子信息（制表符分隔 env.txt）

当参数设置中选择“是否进行环境因子关联分析”为“true”时，指定的数据文件夹中必须提供 env.txt 文件

（5）理化因子分组方案（可选）

该文件用于对提供的理化性质或环境因子信息进行分类，适用于理化性质或环境因子较多时将这些信息进行归类（制表符分隔 env_group.txt）

此处信息用于VPA（Variance partitioning analysis）方差分解分析，可用于定量评估两组或多组（2~4组）环境因子变量对响应变量（如微生物群落差异）的单独解释度和共同解释度

Step4：分析运行与结果查看、结果下载

项目运行状态，可以在“会员中心”--“项目中心”--“云流程项目”栏目中查看，分为“运行中”、“已完成”、“运行失败”，相关log文件，可以在相应任务的“运行日志”中查看。

如果任务状态显示为“已完成”，可以点击任务名称，或者右侧的“结果”查看全部的结果数据，可以点击相应任务的“项目目录”，进入数据打包下载界面。

下载数据，建议使用http://cloud2.mimazi.net:9001/login.html网址登录，千兆网速。

重要提示

（1）流程所需的数据要上传到同一个文件夹中，并且提交任务时指定这个文件夹；

（2）指定的文件夹中必须包含 “fqlist.txt” 和 “group.txt”，建议在准备数据时先下载示例数据，并直接示例文件中的信息再进行提交，不要修改文件名；

（3）若需进行环境因子关联分析，要在参数设置中将“是否进行环境因子关联分析”值设置为“true”，同时在指定的数据文件夹中提供 env.txt 文件。

（4）上传和下载数据，强烈建议使用http://cloud2.mimazi.net:9001网址登录，千兆网速。

当前版本为 1.0b版本，上架时间为2025年10月15日

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