VirSorter2是一款能够在基因组数据集中识别病毒信号的软件,是目前病毒组研究中使用最广泛的一款病毒长序列(viral contigs)识别软件。VirSorter2在之前的版本基础上进行了重大更新:1. 研究更多的病毒群,包括双链DNA噬菌体、单链DNA病毒、RNA病毒、NCLDV(核细胞病毒)、拉病毒科(病毒噬菌体);2. 利用包括结构/功能/分类注释和病毒标志基因在内的基因组特征,应用机器学习来估计病毒性;用来自宏基因组或其他来源的高质量的病毒基因组进行训练。提供宏基因组组装结果,即可进行病毒序列的识别和预测。
示例文件:
宏基因组组装结果,后缀名为*.fasta、*.fa、*.fas、*.fna、*.fnn等
运行后会生成三个文件,分别为:
final-viral-combined.fa 识别的病毒序列;
final-viral-score.tsv 每条序列的各分类类别得分表格;
final-viral-boundary.tsv 每条序列的信息表格。
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